公共管理碩士與工商管理碩士的主要區別在于培養目標不同和申請學位目的不同。其工商管理碩士主要培養私人部門的管理人才，公共管理碩士主要是培養公共部門的管理人才；工商管理碩士學位申請主要是滿足企業的管理需要培養人才，公共管理碩士則主要是滿足政府部門及公共機構需要的管理人才，詳細分解如下：

培養目標不同

工商管理碩士是為適應社會公共管理現代化、科學化和專業化的要求而設立的，其培養目標是為相關企業及部門培養德才兼備、適應社會主義現代化建設需要的高層次、應用型、復合型的管理人才。

公共管理碩士培養目標是為政府部門和非政府公共機構培養具有現代公共管理理論和公共政策素養、掌握先進分析方法及技術、精通某一具體政策領域的專業化管理者和政策分析者。

申請學位目的不同

工商管理碩士學位是一種注重復合型、綜合型人才培養的學位，是能力培養重于知識傳授的學位，學位申請主要是滿足企業的管理需要培養人才；公共管理碩士教育是一種通才教育，則主要是滿足政府部門及公共機構需要的管理人才。