學院始建于1971年，是中南地區創辦最早的藥學院。40多年來，藥學院始終秉承“明德求真，弘藥濟世”的院訓，遵循“瞄準一流，卯足干勁，敢于競爭，特色發展”的辦院方略，奉行“創新、實踐、人文、開放”的藥學人才培養理念，現已成為高層次藥學專門人才培養基地，為國家輸送各類藥學人才8000余人。

　　現設有藥物化學、中藥與天然藥物學、生物藥學、藥物分析學、藥劑學、醫藥商業貿易學6個系，實驗教學、分析測試2個中心。

　　現有教職工92人，其中教授21人、副教授41人。教師隊伍中雙聘院士1人、教育部長江學者特聘教授1人、國家杰出青年基金獲得者1人、科技部中青年科技創新領軍人才1人、國家優秀青年科學基金獲得者2人、教育部新世紀優秀人才4人；華中科技大學學術前沿青年團隊3個，華中科技大學學術新人2人，享受國務院政府特殊津貼4人。學院有國家藥典委員會委員1人，中國藥學會理事1人、中國藥理學會理事1人，湖北省藥學會副理事長1人，湖北省各專業委員會主任委員、副主任委員7人。

　　設有藥學博士后流動站、藥學一級學科博士授予點，可在藥物化學、藥劑學、生藥學、藥物分析學、微生物與生物技術藥物學、藥理學6個二級學科點培養博士研究生。藥理學為國家重點（培育）二級學科，藥學為湖北省重點一級學科。

　　建有國家“重大新藥創制”專項—武漢綜合性新藥研究開發技術大平臺、國家納米藥物工程技術研究中心2個國家級科研平臺。擁有天然藥物化學與資源評價湖北省重點實驗室、湖北省現代給藥系統工程技術研究中心、武漢市天然藥物工程中心、華中科技大學生物醫藥研究院等。

　　學院主要圍繞糖尿病、惡性腫瘤、心腦血管、神經系統、免疫系統等疾病，開展先導化合物的發現與優化、新藥設計、天然藥物資源品質評價、藥物藥理及作用機制、藥物的體內作用規律及動力學性質、藥物新制劑以及質量控制等學科領域研究。近五年獲國家“重大新藥創制”專項7項，科技部863項目1項。獲省級以上各類科技獎15項，專利42項，發表SCI收錄論文400余篇，近三年發表影響因子大于10分論文14篇。學院為華中科技大學“藥理學與毒理學”、“化學”等學科進入ESI國際排名前1%作出了重要貢獻。

　　現有核磁共振儀、液－質聯用儀、氣－質聯用儀、高分辨質譜儀、凝膠成像系統、生物發酵罐、計算機輔助藥物設計系統、多功能提取裝置、激光粒度分析儀、紅外光譜儀、高效液相色譜儀（制備型與分析型）、氣相色譜儀、旋光譜儀、流式細胞儀、熒光顯微鏡和熒光酶聯免疫檢測儀等大型儀器設備80余臺件。所有設備儀器對全校及相關單位提供共享及開放服務。

　　學院與人福醫藥集團股份公司、珠海潤都醫藥、武漢遠大醫藥、武漢啟瑞醫藥、天茂集團等10余家制藥企業建立了長期合作關系，共建新藥研發平臺，開展了多項新藥研發項目，為多家制藥企業提供技術服務，獲得了較大的社會效益和經濟效益。成功研制了23種新藥（其中二類新藥9種）轉讓給制藥企業。尚有5個一類新藥、10余個其他類別藥物在研制中。

　　學院大力實施本科教學質量與教學改革工程，取得一批具有影響的教學成績。現有國家精品資源共享課程1門（天然藥物化學），省級精品課程1門（天然藥物化學），校級精品課程5門（《有機化學》、《藥用植物學》、《藥物化學》、《藥劑學》、《生藥學》）。學院是首批獲教育部國家大學生創新性實驗計劃資助的院系之一。近五年來，主編、參編全國藥學規劃教材50多本，主編、參編其它教科書和專著60余本。其中主編、副主編人民衛生出版社和中國醫藥科技出版社全國藥學類規劃教材13本、參編14本。

　　學院高度重視學生的實踐能力培養。在校外建有16個教學實習基地，每年暑期組織學生在廬山開展10天的野外藥用植物實踐活動。建有大學生科技創新基地，不同年級的學生以不同的形式廣泛開展大學生科技創新活動。近年來，學生在參加全國各類科技大賽中屢獲佳績。

　　學院注重拓寬國際化視野，國際化程度逐步提高。越來越多的世界著名高校的博士加入到我們的師資隊伍之中，越來越多的中青年教師出國進修學習；每年聘請國外一流大學教授為學生授課，并選拔優秀學生走出國門，進入世界一流大學交流學習，極大地開闊了學生的視野，提升了我院的國際知名度。

　　學院積極實行高質量畢業生就業。近5年平均就業率達95％，畢業生供不應求，成為國際著名跨國制藥企業和國內大型制藥企業追逐的對象。國內外深造率60％左右，絕大多數讀研學生都被錄取在“985”高校和中科院所。生物藥學基地班40%以上的學生本科（四年）畢業后免試讀研究生。擇業途徑廣，貫穿于新藥研發、藥物生產和流通、藥品監督管理和使用各環節。

　　學院始終堅持遵循思想政治工作規律和學生成長規律。以黨建為龍頭，幫助學生樹立出彩人生的信心；以服務為宗旨，積極探索以學生為主體的個性化培養模式，努力營造全員、全程、全方位的育人環境，不斷促進“漫灌”與“滴灌”的有機結合；以活動為載體，通過開展科技創新、社會實踐、體育文化等豐富多彩的活動，為學生指明前行之路。青春頌、金秋藝術節、趣味運動會暨師生拔河賽、實驗技能大賽、關愛健康合理用藥等，是藥院人經年打造的文化精品。近年來，學院連續五次獲得校“本科生工作先進單位”、“大學生科技創新先進集體”；兩次獲得校“學風建設優秀單位”、“本科生教師班主任工作先進單位”、“五四紅旗團委”。2011年被評為湖北省先進基層黨組織。

　　學院與湖北省食品藥品監督管理局共建“國家執業藥師湖北省培訓中心”，每年培訓執業藥師3000余人。為多家制藥企業培訓醫藥人才，為提高藥學從業人員的業務水平和整體素質作出了重要貢獻。