石河子大學食品學院前身系石河子農學院食品科學系，創建于1985年，1996年10月教育部組建新的石河子大學，食品科學系歸屬石河子大學工學院。2001年應社會人才培養需求，進一步拓展專業，將食品科學系組建為食品學院。

　　●目標定位：以創建“西北一流食品學科”為目標，解決新疆和兵團相關產業共性問題，帶動兵團農產品高效增值和區域經濟發展為出發點，建設疆內一流的科學研究平臺；持續做大做強人才隊伍，“十四五”期間專任教師預計達到60-65人，將食品科學與工程學科建設成為“疆內一流、西部前列、國內知名”，區位優勢明顯、特色顯著的省部級重點學科。在新疆及兵團人才培養、科學研究、社會服務和文化傳承等方面發揮更大的作用。

　　●學科建設：2003年獲批“農產品加工與貯藏工程”二級學科碩士點，2010年獲批新疆自治區級重點學科。現有“食品科學與工程”、“食品質量與安全”、“葡萄與葡萄酒工程”3個本科專業，食品科學與工程一級碩士學位點以及“生物與醫藥”、“食品加工與安全”兩個專業碩士學位授權點。2012年獲批二級學科博士學位點--農產品加工工程(農業工程自設)，聘博士生導師4人，已連續招收博士研究生7屆共21人，畢業博士8人。

　　●師資隊伍：學院現有教職工57人，其中專任教師46人，其中教授16人，特聘綠洲學者教授2人，副教授21名。教師中具有博士學位者30人(90%以上為工學學位)，國外留學背景12人，碩士研究生導師26人。兵團英才4人、兵團中青年領軍人才4人、省級(兵團)科研創新團隊3個，自治區教學名師1名，寶鋼優秀教師獎4人，石河子大學“3152”青年骨干教師13人。學院現有在校本科學生近900人，碩士、博士研究生近200人。

　　●人才培養：學院重視學生綜合素質的培養，近年來共有幾十名學生的科技作品先后獲得大學、兵團、自治區及團中央的獎勵。其中有多名學生分別在全國“挑戰杯”、“互聯網+”、自治區大學生科技作品大賽及兵團“創業杯”等大賽中獲獎。學院與石河子海關、張裕巴保男爵酒莊、新疆西域明珠葡萄酒業有限責任公司等20余家企事業建立了穩定的校外教學實習實訓基地，為提升學生實踐技能和順利就業奠定了良好基礎。

　　●科研平臺：學院科研教學實驗場地達10,000多平方米，包括10個教學實驗室，1個300多平方米的研發實踐實訓基地和3個小型冷庫，二級學科4個研究方向，組建了7個科學研究中心及團隊實驗平臺(每個300-400平方米)以及1個食品分析測試中心。實驗儀器設備總價值超過3500多萬元，10萬元以上實驗儀器設備54臺件。2009年以來先后獲批“新疆特色果蔬貯藏加工教育部工程研究中心”、“國家地方聯合工程研究中心”、“新疆自治區農產品加工工程重點實驗室”，共建“新疆植物藥資源利用教育部重點實驗室”，以及2個自治區級產學研研究生培養基地、1個自治區級教學示范中心。

　　●科學研究：學科緊密圍繞新疆大宗和特色農產品資源，針對林果加工保鮮基礎、特色動物性食品加工、農產品功能性組分化學與食品營養、民族特色益生菌與發酵，凝練形成四個穩定而特色鮮明的學科研究方向。近五年先后承擔在研省部級及以上縱向科研項目60余項，包括國家自然科學基金38項(其中面上項目3項、基金委-新疆聯合基金重點項目1項)、國家重點研發計劃子課題1項、省級重大專項1項、省級重點科技攻關20多項。期間到位經費約3150多萬元，人均科研經費約14萬元/年。針對哈密瓜、香梨采后病害生理，果汁加工揮發性組份與感官，熏馬腸加工生物胺累積機理與控制，哈薩克風味奶酪的微生物驅動機制，區域特色乳酸菌、酵母菌資源等發表高水平的SCI、EI發表三大檢索學術論文近120篇，包括SCI收錄近70篇(其中Top期刊16篇，JCR2區以上文章30多篇），EI收錄50多篇。無核白葡萄、香梨貯運，蟠桃汁、胡蘿卜汁、紅棗蒸餾酒加工工藝，番茄和特種油脂功能食品等成果完成轉化和應用，先后獲兵團科技進步獎10多項。近三年，緊密對接地方師團農產品加工企業，強化產學研合作和科技服務，獲批兵團南疆重大、重點科技攻關項目10多項，充分體現了本學科在響應和推進新疆“向南發展”戰略中顯著的區位優勢和行業需求優勢。

　　●合作交流：2006年教育部指定江南大學對口支援石河子大學食品學院，學院積極利用對口支援政策，與江南大學、西北農林科技大學在科學研究、人才培養等各方面保持密切合作，每年選送10多名學生分別赴江南大學、西北農林科技大學插班學習，加強與國內外科研院所的廣泛合作，以立德樹人為宗旨，提高學院人才培養質量、做強師資隊伍、提升科研服務能力和管理水平。