市政與環境工程學院是1956年學校建校時設立的系部，前身為原吉林建筑工程學校城市建設系，1979年學校升格為本科辦學，開始招收供熱通風專業本科生，1983年開始招收給水排水工程專業本科生，2002年開始招收環境工程專業本科生，2003年環境科學開始招收本科生。隨著吉林建筑大學的發展，市政與環境工程學院辦學規模逐步擴大，目前擁有松遼流域水環境教育部重點實驗室、松遼流域水資源與水環境重大需求協同創新中心、水污染控制與資源化利用實驗室、吉林省建筑節能與新能源利用工程研究中心、吉林省新能源與環境科技創新中心、吉林省校企聯合供熱低碳化研究中心、吉林省超導傳熱材料與中低溫熱能減碳技術跨區域合作科技創新中心等7個省部級科研平臺。學院設有給排水科學與工程、建筑環境與能源應用工程、環境科學與工程等3個系，環境科學與工程實驗中心、建筑環境與能源應用工程實驗中心等2個本科實驗中心。開設建筑環境與能源應用工程、建筑環境與能源應用工程（分設城市燃氣工程方向）、給排水科學與工程、環境工程、環境科學等4個本科專業，5個方向，其中建筑環境與能源應用工程專業于2019年獲批首批國家級一流專業建設點、給排水科學與工程專業于2020年獲批第二批國家一流專業建設點，環境工程專業于2020年獲批吉林省一流專業建設點，環境科學專業于2021年獲批吉林省一流專業建設點，環境工程專業于2018年通過教育部工程教育專業認證，給排水科學與工程專業、建筑環境與能源應用工程專業于2019年通過住建部高等教育專業評估（認證），給排水科學與工程專業于2023年入選吉林省卓越工程師教育培養計劃2.0專業，獲批校級海綿城市微專業。建筑環境與能源工程實驗中心于2011年被評為省級實驗教學示范中心，環境科學與工程實驗中心于2014年被評為省級實驗教學示范中心。

市政與環境工程學院2003年獲碩士學位授予權，現有環境科學與工程，市政工程，供熱、供燃氣、通風與空調工程，土木水利（市政），土木水利（暖通）5個碩士學位點和20多個研究方向。學院現有教師95人，其中，具有正高級職稱26人，副高級職稱32人，具有高級職稱教師占教師總數的61％。學院教師中具有博士學位的65人，占教師總數的68%。45歲以下的青年教師58人，占教師總數的61%。全日制在校學生共計1518人，其中本科生1247人，碩士研究生271人。

學院重視科研工作，逐步形成了一支結構合理、素質優良、團結協作的科技研發人才隊伍，培育國家特聘教授1人。獲得一大批高水平的科研成果。近5年承擔國家重點研發項目（子課題）、國家科技支撐計劃項目（子課題）、國家自然科學基金項目等國家級項目21項，省部級各類研究項目60余項，累計獲得縱向科研經費3800余萬元；公開發表學術論文298篇，其中SCI收錄197篇；獲得省部級二等獎6項，省部級三等獎3項。獲得發明專利81件。

市政工程學科于2002獲得碩士學位授予權，2006年被評為吉林省重點學科。建筑環境與能源應用工程專業2006年獲碩士學位授予權。市政工程和建筑環境與能源應用工程所屬一級學科土木工程2011年被評為吉林省“十二五”優勢特色重點學科，2014年被評為吉林省首批“重中之重”建設學科，2018年被評為吉林省高水平學科“一流學科A類”。環境科學與工程學科2010年獲得一級學科碩士學位授予權，2011年被評為吉林省優勢特色重點學科。

經過長期的發展與建設，形成了穩定的學科方向，具有自己的特色和優勢。農村面源污染控制理論與技術、水體生態系統修復理論與技術、污水處理與資源化理論與技術等方面的研究在國內處于領先水平，實際應用方面也取得顯著成果，取得了系列重要的標志性成果。研究成果具有鮮明的地域特色，注重轉化和推廣應用，學科近年來一直面向國家及省內重大需求，圍繞學科關鍵問題開展科學研究與人才培養，已經成為省內市政與環境領域人才培養基地、科技研發基地、行業決策和技術咨詢基地。

市政與環境工程學院經過近70年的建設已成為吉林省培養市政與環境領域人才的重要基地，為吉林省城鄉建設行業及地方經濟發展作出了突出貢獻。