石河子大學藥學院成立于2001年4月，其前身為醫學院藥學系，淵源追溯到1953年的新疆軍區衛生學校藥學教研室，是新疆第一所藥學專業教育基地。學院以立足兵團、服務新疆、面向全國的藥學發展為己任，秉承“篤學創新　精藥濟世”的院訓，服務國家大健康的需求，以其鮮明的區域特色和較強的專業實力，形成重基礎、強實踐的育人模式，成為西北地區培養高級醫藥科技人才的重要基地。

　　學院擁有藥學、中藥學、制藥工程、臨床藥學4個本科專業。其中藥學、中藥學專業是國家一流專業建設點。藥理學，藥學為自治區重點學科。學院擁有藥學一級學科碩士點、藥學碩士專業學位授權點。

　　學院現有教職工66人。專任教師45人，其中教授11人，副教授19人，副高及以上職稱占69%；博士研究生占78%，現有省級國家級人才3人次、省部級人才20余人次。學院把人才隊伍建設作為人才培養的首要工程，以高層次人才隊伍建設為龍頭，以青年教師隊伍建設為重點，以提高教師隊伍國際化水平為導向，以培育創新團隊和教學團隊為主線，形成了層次清晰、相互銜接的人才隊伍建設規劃和制度支持體系。

　　學院先后與北京大學、華東理工大學、華中科技大學等國內多個高層次大學和科研機構建立了相對穩定的對口支援與交流合作關系，為提升教師學術水平和人才培養能力、學生實習實踐提供了良好條件。學院鼓勵教師攻讀博士學位，提高學歷層次，支持教師出國研修，拓展國際視野，充分利用對口支援的大好契機，每年選送青年教師赴國內知名高校進修，全面提高了師資隊伍整體綜合素質，為建設一支高素質、高水平、充滿生機活力和富有創新精神的教師隊伍而努力。

　　學院擁有教育部重點實驗室1個、校級教學實驗中心1個，西域傳統醫藥展覽館1個，有標準化實驗室74間，本科教學實習基地25個，產學研聯合培養研究生基地13家，實驗面積8000㎡，設備經費總投資8232萬元。學院統籌全校資源，發揮開放共享優勢，理順體制機制，實現實驗室高效管理。通過優化實驗室管理，改善實驗教學環境，強化對學生探索精神、創新能力的培養，建立以能力培養為主線，分層次、多模塊，相互銜接的實驗教學體系。

　　學院圍繞立德樹人根本任務，堅持以兵團精神育人，為興疆固邊服務，充分依托自身學科優勢與專業特點，緊跟新時代兵團事業發展形勢與步伐，將學院學科建設與專業發展聚焦于兵團醫藥事業的繁榮與發展，服務于兵團先進生產力和先進文化示范區職能，不斷豐富辦學載體，營造良好的教書育人環境、全面提高人才培養質量，為疆內外培養了大批專業人才。