農學院前身為農學系。創建于1959年6月，1996年6月撤系建立植物科技學院，2008年9月更名為農學院。現下設作物系、植物保護系、農業資源與環境系、農學基礎系、農業科研所和水稻研究中心等教學和科研機構。擁有1個國家級實驗教學示范中心(含4個本科生教學實驗室、1個大學生創新創業平臺），1個國家農科教合作人才培養基地，2個農業農村部重點實驗室，5個國家級科技小院，15個省部級科研平臺。

1959年8月開設農學本科專業，1988年后相繼增設植物保護、園藝、園林、農業資源與環境、水土保持與荒漠化防治、環境科學、種子科學與工程等7個本科專業。經過學院重組、專業調整后，目前招生專業為4個，其中農學專業為國家一流專業建設點、國家級特色專業、國家綜合改革試點專業和省級重點專業；植物保護專業為國家一流專業建設點、省級重點專業；農業資源與環境和種子科學與工程專業為省一流專業建設點；農學、植物保護和農業資源與環境專業為國家卓越農林人才教育培養計劃改革試點項目實施專業。

學院現有寒地作物學博士后科研流動站1個。具有博士或碩士學位授予權的一級學科3個、專業學位領域2個。作物學一級學科為省級重點學科、博士和碩士學位授予權點，植物保護、農業資源與環境等2個一級學科為碩士學位授予權點，擁有農藝與種業、資源利用與植物保護等2個農業碩士專業學位領域。

全院現有專兼職教職工118人，其中正高級職稱29人、副高級職稱34人，具有博士學位74人，博士生導師24人，碩士生導師72人。擁有雙聘院士1人，全國優秀教師1人，青年龍江學者1人，黑龍江省模范教師1人，省師德師風先進個人2人，省勞動模范1人，省五一勞動獎章獲得者1人。作物學團隊和植物病理學團隊為省級領軍人才梯隊。現在校本科生1553人，全日制碩士研究生352人，非全日制碩士研究生19人，博士研究生44人，寒地作物學博士后科研流動站在站博士后28人。

建院以來，為國家培養本專科畢業生17400余人，博士和碩士研究生1120余人。學院共取得科研成果440余項，其中80余項獲得省部級以上科技成果獎（黑龍江省省長特別獎3項），240余項獲得廳（局）級以上科技成果獎。特別是2019年“農作物種質資源引進創新與高效利用”獲得黑龍江省科技進步一等獎；2020和2021年兩年獲得3項黑龍江省科技進步二等獎。目前農學院承擔的各類科研課題100余項。水稻、玉米、大豆、馬鈴薯、雜糧、植保和資環等研究團隊長期奮戰在墾區和地方進行社會服務。近年來，農學院榮獲了黑龍江省“工人先鋒號”“黑龍江省教學管理質量獎”“黑龍江省科技成果推廣工作先進集體”等多項榮譽稱號，并連續4年獲得“黑龍江八一農墾大學就業工作先進集體”，2022年獲得校師德師風先進集體。

學院經過多年探索實踐，確立了“三結合、兩貫通、兩強化”的卓越復合應用型人才培養模式，與國內多家大型企業及農場建立了院企合作關系。學院積極參與我校與墾區和地方共建“建三江水稻產業創新研究院”、“九三大豆產業創新研究院”、“大慶農業設施研究院”和“安達市農業科技示范園區”等科技創新基地，現建有校內外實驗實習基地60余個。實行“全員育人，全程服務”的就業工作體制。近年來，注重學生創新創業能力培養，獲批省級及以上大學生創新創業訓練計劃項目118項，學生參加“互聯網+”“挑戰杯”等創新創業大賽，獲得國家級大賽銀獎3項、銅獎6項，省級大賽金獎19項、銀獎49項、銅獎27項。各專業畢業生就業率持續保持在93%以上，近3屆畢業生考研率均在40%以上。