工程物理系目前設(shè)有核技術(shù)及應(yīng)用、技術(shù) 物理、核能科學(xué)與工程管理、安全科學(xué)與技術(shù)、醫(yī)學(xué)物理與工程、近代物理6個(gè)研究所。 覆蓋核科學(xué)與技術(shù)、安全科學(xué)與工程、物理學(xué)3個(gè)一級(jí)學(xué)科，其中，核科學(xué)與技術(shù)一級(jí)學(xué)科是清華大學(xué)的傳統(tǒng)優(yōu)勢學(xué)科，2003、2008、2013 年連續(xù)三次在全國一級(jí)學(xué)科評(píng)估中排名第一，2017 年第四次全國一級(jí)學(xué)科評(píng)估等級(jí)為 A+。

工程物理系堅(jiān)持“理工結(jié)合、又紅又專”的人才培養(yǎng)理念，以培養(yǎng)輸送大批高素質(zhì)、高質(zhì)量、具有國際化視野的核領(lǐng)域卓越人才為目標(biāo)，不斷改革創(chuàng)新人才培養(yǎng)模式，在校生總體保持在1300余人的規(guī)模，其中，本科生600余人，研究生700 余人。工程物理系在編教職工108人，其中具有正高級(jí)職稱38人，副高級(jí)職稱53人，擁 有一支包括院士以及各類國家級(jí)人才支持計(jì)劃入選者為代表的高水平師資隊(duì)伍。

工程物理系承擔(dān)和完成了一大批國家重大、重點(diǎn)科研項(xiàng)目，同時(shí)積極聯(lián)合企事業(yè)單位開展合作研究。自2004年以來，年度科研經(jīng)費(fèi)均超過億元，近5年來，年度科研經(jīng)費(fèi)均超過2億元。工程物理系取得了一系列重大科技獎(jiǎng)勵(lì)，近二十年來，工程物理系以第一完成單位榮獲各級(jí)各類科技獎(jiǎng)勵(lì)20余項(xiàng)，包括國家科學(xué)技術(shù)進(jìn)步獎(jiǎng)（創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)）（2013年），國家技術(shù)發(fā)明獎(jiǎng)一等獎(jiǎng)（2010年），國家科學(xué)技術(shù)進(jìn)步獎(jiǎng)一等獎(jiǎng)兩項(xiàng)（2003 年、2010 年）。

工程物理系堅(jiān)持產(chǎn)教融合、服務(wù)國家和 社會(huì)發(fā)展戰(zhàn)略，積極探索產(chǎn)學(xué)研一體的技術(shù) 創(chuàng)新體制機(jī)制，在安全檢測技術(shù)、公共安全應(yīng)急技術(shù)、核醫(yī)學(xué)影像技術(shù)方面成功實(shí)現(xiàn)了成果轉(zhuǎn)化。以科技創(chuàng)新引領(lǐng)安全檢測、安全 應(yīng)急新興行業(yè)產(chǎn)業(yè)發(fā)展，走出了一條新時(shí)期“創(chuàng)新報(bào)國”的寬廣道路，為保障國家安全、 促進(jìn)國民經(jīng)濟(jì)發(fā)展做出了重大貢獻(xiàn)。