南京大學(xué)教育學(xué)科的歷史可追溯至1918年創(chuàng)立的南京高等師范學(xué)校教育專修科。1982年南京大學(xué)在教務(wù)處設(shè)立高等教育研究室，教育學(xué)科得以復(fù)建。1986年高教室升格為系所級(jí)建制，1987年更名高等教育研究所。2002年成立教育科學(xué)與管理系，高教所作為校級(jí)研究所仍然保留。2009年教育科學(xué)與管理系改建為教育研究院。學(xué)院現(xiàn)設(shè)有高等教育研究所、課程與教學(xué)研究所、教育經(jīng)濟(jì)與管理研究所3個(gè)校級(jí)研究所，并與江蘇省教育廳、江蘇省考試院、南京市教育局，合作共建揚(yáng)子江教育智庫、江蘇教育名師發(fā)展研究中心、江蘇省教育考試中心等智庫與研究機(jī)構(gòu)，南京大學(xué)高等教育研究與評(píng)價(jià)中心掛靠在教院。

經(jīng)過多年建設(shè)，教院在高等教育學(xué)、課程教學(xué)論、教育經(jīng)濟(jì)與管理等研究領(lǐng)域形成一定特色與優(yōu)勢(shì)。目前擁有完整的教育學(xué)碩士、博士培養(yǎng)體系，擁有教育學(xué)一級(jí)學(xué)科碩士點(diǎn)、博士點(diǎn)，在第五輪學(xué)科評(píng)估中，南京大學(xué)教育學(xué)科獲得良好成績(jī)，在C9高校中排名靠前。2019年成立陶行知教師教育學(xué)院，率先在高水平綜合性大學(xué)開展師范教育，致力于培養(yǎng)中小學(xué)卓越學(xué)科教師。2023年，教院牽頭實(shí)施“國(guó)優(yōu)計(jì)劃”，依托南京大學(xué)數(shù)、理、化、生基礎(chǔ)學(xué)科的強(qiáng)勁學(xué)科實(shí)力及優(yōu)質(zhì)生源，與外國(guó)語學(xué)院、大學(xué)外語部、物理學(xué)院、匡亞明學(xué)院等院系共享師資，探索高水平綜合性大學(xué)舉辦高質(zhì)量教師教育的新模式。