中南大學基礎醫學院前身為湖南醫科大學基礎課部，始建于1956年，1984年初更名為基礎醫學系，1993年更名為基礎醫學院，2000年中南大學合并，2002年重組中南大學基礎醫學院。

中南大學基礎醫學院伴隨“百年湘雅”的發展不斷成長壯大，是我國現代基礎醫學的發祥地之一，已成為集教學、科研和社會服務于一體的國家基礎醫學高級專門人才培養和科學研究基地。學院現有基礎醫學、生物學和特種醫學3個一級學科的博士點與博士后流動站以及1個生物醫學工程碩士點。擁有1個國家重點二級學科（病理學和病理生理學），2個湖南省重點一級學科（基礎醫學、生物學），4個湖南省重點二級學科（人體解剖與組織胚胎學、病原生物學、生理學、腫瘤學）；1個國家干細胞研究工程中心、7個省部級重點實驗室。免疫學、生物學與生物化學、遺傳學與分子生物學進入ESI全球前1%。學院現有基礎醫學、法醫學和生物醫學工程3個本科生招生專業，擁有腫瘤學、干細胞工程與遺傳學、神經生物學、生理學、免疫學、解剖與組織胚胎學、病理學與病理生理學和病原生物學等30余個研究生招生學科和方向；在讀本科生、碩士和博士研究生1000余人。

基礎醫學在2007年教育部組織的全國一級學科評估中獲全國排名第一，2012年獲全國排名第五，2017年獲得B+,免疫學2017年進入ESI(基本科學指標）全球前1%。2014年國家人社部開展的第二輪博士后流動站綜合評估中基礎醫學博士后流動站獲得“全國優秀博士后科研流動站稱號”。基礎醫學入選中國校友會網2014中國五星級學科專業，躋身中國一流學科專業榜單。

學院現有專任教師173人，其中教授63人，副教授76人。下設9個系、2個研究所、1個教研室、1個基礎醫學實驗教學中心。在鼻咽癌等惡性腫瘤的發病機制、胚胎干細胞和輔助生殖、馬王堆文物保護技術以及膿毒癥機制等研究領域居國際先進水平。與中信集團共同組建的中信湘雅生殖與遺傳專科醫院是國際上接受試管嬰兒治療人數最多、妊娠率最高的生殖中心。法醫學已成為國內權威的法醫鑒定團隊。

學院現有10門國家級精品資源共享課和國家級精品視頻公開課。基礎醫學MOOC群亦頗具影響，國家精品MOOC《生理學》選課人數近20萬，《病理生理學》選課人數逾10萬，兩門課程注冊人數均居同類課程之首，選課學生覆蓋全國200余所高校。學院擁有基礎醫學形態學國家級教學團隊、機能學實驗國家級示范性實驗教學中心以及人體形態學科技館全國科普教育基地。國家級教學團隊1個，省級教學團隊1個。

近年，主編、副主編、參編教材140多部，主持省級教改項目9項，校級教改項目30項，發表教改論文80多篇。2人分獲全國高等學校評選創新創業課程“精彩一課”比賽一等獎、二等獎，1人獲得第三屆全國基礎醫學青年教師講課比賽二等獎，1人獲第十一屆全國人體寄生蟲學教學改革與課程建設研討會微課大賽二等獎；2人獲得湖南省教育廳組織的青年教師講課比賽二等獎，2人獲湖南省第二屆微課大賽二等獎，湖南省普通高校教師課堂教學競賽三等獎1項；1人獲湖南省科協首批中青年人才托舉計劃；1人獲批新疆維吾爾自治區“天山學者”計劃特聘教授、1人獲批“天山學者”計劃主講教授，兩人均被聘為新疆醫科大學“雙聘教授”。

十三五期間，學院共獲科研項目200余項，其中國家自科基金79項，進校總經費8300余萬元。先后承擔國家“973”項目5項、國家“863”計劃項目6項、國家科技支撐計劃項目1項、國家然科基金重大科研計劃項目2項、重點項目2項。高水平論文不斷涌現，發表各類學術論文886篇，其中ESI論文635篇，申報國家專利196項、授權國家專利175項，一項軟件著作權轉化成300萬元無形資產。與其他單位聯合獲得國家科技進步一等獎，湖南省自然科學二等獎3項、三等獎4項，湖南省醫學科技一等獎1項、青年英才獎1項、青年科技獎1項、科技創新獎1項。

此外，學院開展了廣泛的國際科研交流活動，先后派出100多人次出國進修和訪問考察，邀請了海內外著名專家學者來院講學，與多國家和地區建立了學術交流和科研協作關系。