南京醫科大學病理學與病理生理學科由病理學和病理生理學兩個學科組建而成，是學校的傳統優勢學科。其中病理學科的歷史可追溯到上個世紀30年代，以腫瘤病理學研究為特色；病理生理學科創建于上世紀50年代，為國內首批建立的病理生理學科，原學科帶頭人蔡海江教授是中國病理生理學會動脈粥樣硬化專業委員會主要創始人。1988年被原江蘇省教委遴選為重點學科，1994年晉級為江蘇省重點學科,以后在“十五”和“十一五”期間被連續遴選為江蘇省重點學科，2007年被遴選為國家重點（培育）學科。學科于1981年成為碩士點，2000年成為博士點。本學科是江蘇省心血管病靶向干預研究國家重點實驗室培育建設點和衛生部抗體技術重點實驗室的依托學科，也是“江蘇省心血管病轉化醫學協同創新中心”牽頭單位。

從20世紀50年代后期起，在徐柯教授、蔡海江教授、李子行教授等老一輩專家的帶領下，在肝再生、心血管疾病、代謝病等研究領域取得了一批令人矚目的成就，尤其在動脈粥樣硬化等心血管疾病研究領域，相繼承擔國家“七五”、“八五”科技攻關和“863”項目，多次獲得教育部、衛生部和江蘇省的科技獎勵，為學科的持續發展奠定了堅實的基礎。從“九五”后期起，學科進一步拓寬研究領域，在心血管病炎癥調控關鍵節點的靶向學研究、氣體信號分子心血管病干預靶點及治療手段研究、重大疾病（心血管病、代謝病）過程的轉錄調控機制研究、腫瘤分子病理學與抗體技術、腫瘤細胞能量代謝、胰島移植與胰島生物學研究等方面取得了突破性進展。尤其是，在學科帶頭人陳琪教授帶領下，主要針對高發心血管疾病（動脈粥樣硬化、高血壓、冠心病、結構性心臟病和心力衰竭等），貫徹基礎研究密切聯系臨床的原則，承擔國家自然科學基金重大項目、重點項目和“973”課題等，持之以恒地開展系列深入研究，已培養和匯聚了一支從事心血管疾病研究的高水準隊伍，在心血管疾病的基礎研究及靶向干預等方面形成了明顯的特色和良好的國內外學術影響。

目前，學科的主要研究方向為心血管病理生理學、重大疾病過程的轉錄調控機制、代謝病發病機制及分子干預、分子病理學與抗體技術等，各研究方向均承擔多項國家自然科學基金重點項目、重大研究計劃等科研任務。近5年來，在Nat Commun，Circulation, Circ Res, Cancer Res, Diabetes等國際學術期刊發表SCI收錄論文100余篇，獲得國家授權發明專利20余項，榮獲國家科學技術進步獎一等獎1項、教育部自然科學獎一等獎2項、江蘇省科技進步獎一等獎1項、中華醫學科技獎二等獎1項、江蘇醫學科技獎二等獎1項、江蘇預防醫學科技獎一等獎1項、軍隊科學技術進步獎二等獎1項；承辦國際和全國學術交流會議8次。

在立足本學科高技術共享平臺建設、開展創新研究的基礎上，與江蘇省人民醫院內科學（心血管病）國家重點學科、南京市第一醫院南京市心臟介入中心、天津醫科大學內分泌與代謝病國家重點（培育）學科等開展合作交流，構建基礎研究、藥物研發與臨床運用有機結合的機制，搭建學科交叉的開放式高技術研究平臺，匯聚基礎、臨床和企業的科學家圍繞“重大疾病（心血管病、代謝病等）的發病機制、新靶點發現、藥物研發和臨床診療技術建立”這一主題開展協同創新，確實解決防治心血管病和代謝病等重大疾病面臨的臨床實際問題，并獲得江蘇省協同創新建設經費的資助。同時，積極開展國際學術合作與交流，與美國Rochester大學醫學院、Tmple大學Lewis Katz醫學院等建立了長期的合作關系，如共同承擔國家自然科學基金重大國際合作項目開展協同創新研究、研究生在國外實驗室實施聯合培養等。此外，在研究生培養方面，亦注重基礎與臨床研究的緊密結合，培養新一代具有轉化醫學理念和創新能力的研究與醫療人才。近5年來，8人次獲得江蘇省優秀博士、碩士學位論文獎，20余位研究生獲得江蘇省研究生創新工程項目。

在學科豐厚底蘊的熏陶下，在實施學科建設的過程中，一批富有學術競爭力的骨干脫穎而出，形成了一支敬業精神和團隊精神好的高素質學術團隊，為學科的可持續強勁發展積累了人才基礎。學科現有教授11人，副教授6人，具有博士學位28人。其中，學科帶頭人陳琪教授是國家“百千萬”人才、江蘇省有突出貢獻的中青年專家、首批江蘇省“333高層次人才培養工程”和江蘇省高校“青藍工程”優秀創新團隊帶頭人；徐涌教授是國家杰出青年基金獲得者、教育部“新世紀優秀人才支持計劃”人選、江蘇省“333高層次人才培養工程”人選、江蘇省“青藍工程”優秀學術帶頭人和“六大人才高峰”高層次人才；季勇教授入選“國家百千萬人才工程”、國家有突出貢獻中青年專家、江蘇省“六大人才高峰”及省“333高層次人才培養工程”培養對象；蘇東明教授被評定為江蘇省特聘醫學專家、入選江蘇省衛生拔尖人才、江蘇省第五期“333工程”培養對象；蘇東明教授、張志遠教授入選江蘇省創新團隊核心成員；夏洪平教授入選江蘇省特聘教授、“國家青年千人”計劃；馮振卿教授、李躍華教授、李皓教授、賁晶晶副教授等入選“青藍工程”優秀學術帶頭人、“六大人才高峰”高層次人才或“青藍工程”優秀中青年骨干教師等。1999年本學科獲江蘇省高校優秀學科建設梯隊稱號，“心血管病發病機制”創新團隊2008年被遴選為江蘇省“青藍工程”優秀科技創新團隊。

通過“九五”至今的江蘇省重點學科和國家重點（培育）學科的建設，病理學與病理生理學科已經形成了完善的學科發展體系：國家（培育）和省重點學科——省重點實驗室和衛生部重點實驗室——科技創新團隊——各類學術帶頭人培養人選，積累了良好的實施研究生教育和開展高水平科學研究的條件，為實施項目、積累成績、再攀高峰提供了良好的保障。